Total commander

Есть еще жесткие ссылки. При создании жесткой ссылки создается как бы равноправный алиас на один и тот же файл (на один и тот же участок в жестком диске). На них не влияет перемещение. Но у МС офиса есть особенность, он, при открытии документа по жесткой ссылке и сохранении отвязывает, т.е. удаляет ссылку и как бы создает новый документ на этом же месте. Так делают не все программы.
Сейчс проверил, Либре также перезаписывает жесткие ссылки. А так если что Link Shell Extension удобно использовать для создания "хардлинков"

Нужна реляционная модель базы данных (или ее подобия), когда при перемещении элемента автоматически корректируются все его связи. Я бы хотел нечто подобное для организации браузерных закладок, но не на столько, чтобы начать в этом разбираться..

Современный подход к подобного рода систематизации не ложится на привычные иерархические структуры. Самый простой пример, который требует дополнительных "измерения" -  договора разложенные по папкам в зависимости от направления , поставщика и хотя бы году. Всегда  будет потребность начать с чего то , что не даст быстро собрать все по этому признаку или найти нужное. По этому система позволяющая связать файл с набором свойств, описаний, которые в последствии могут быть использованы для идентификации.
Зачатки это штатно присутствуют в файлах MS Office, но мало кто этим пользуется, да без справочника значений достаточно просто даже стройную систему привести в хламовник. Тэг указали с ошибкой и  иная сущьность появилась.
Одной из штатной систем является SharePoint , который позволяет один и тот же объект показать в разных структурах и предоставить разные права пользователям при многомерной модели доступа. и более того связи будут работать если файлы ссылаются друг на друга.
Да тот же 1с документооборот примерно также построен, файл хранятся в условной свалке (ну допустим в папках по датам) Внутри папок версии хранятся с UID а база хранит ссылку на файл, далее, поместить эту ссылку в документ нужными реквизитами - элементарно. Но все это система работающая поверх любой файловой структуры Или в базе. В случае с шариком там в базе SQL все .

Не знаю почему testuser, про жесткие ссылки говорит, я б все ж про символические подумал, (Symbolic Links) но надо понимать что файл можно удалить а ссылка останется, но мертвая.

под "ссылками" я имел ввиду любые ссылки

ну вот что-то по типу этого...

но только на локальном ресурсе и задача скорее не переносить файлы, а хранить в строго отведенном месте а вот ссылаться на них из разных мест.