Можно удалить старые файлы (предварительно сделать бэкап), открыть эксель - проверить что надстройки больше нет. После этого распаковать в папку новую версию, открыть эксель - проверить что новая версия установлена и работает.
Либо другой вариант - при замене файлов быть более внимательным к ошибкам архиватора, если есть ошибки из-за запущенного эксель - предварительно остановить соответствующие процессы в диспетчере задач.