Страницы: 1
RSS
Выравнивание аминокислотных последовательностей
 

Добрый день, форумчане! Помогите с решением проблемы, в которой мне нужно сделать много множественных выравниваний последовательностей (нуклеотидных или аминокислотных). Конечно, есть специализированные для этого программы, но для каждого выравнивания придется создавать свои файлы и каждый раз запускать процедуру выравнивания занова, это ручной способ, и он в данном случае не совсем подходит. В идеале хочется иметь пользовательскую функцию, которая выравнивает последовательности между собой и возвращает выровненные последовательности, как показано в примере в прикрепленном файле.

Перерыл весь интернет, таких решений нет. Лучшее что смог найти – это старая надстройка XlibraryDisplay, код который открыт в редакторе Visual Basic. В ней есть какой-то макрос, закодированный на кнопке Align proteins, который впринципе это делает, но в конце его работы он зачем-то разбивает сиквенс по буквам в отдельные ячейки.

Можно ли «достать» этот макрос надстройки и переделать под функцию с двумя аргументами: ячейки с последовательностями и метод выравнивания?

Ссылка на яндекс диск с надстройкой XlibraryDisplay https://disk.yandex.ru/d/1D5FVlW1VyxaYw

 
а давайте без надстроек
простыми словами: вот у меня исходные, а вот такие результаты нужно получить
и простенький файл сюда и все обьснения на данных в нем (это  - если вам интересно получить результат, в противном случае можно не заморачиваться ни с обьяснениями, ни с файлом-примером, нужно углубиться в размышления и самостоятельно решить задачу)
подумайте какой способ вам проще
Программисты - это люди, решающие проблемы, о существовании которых Вы не подозревали, методами, которых Вы не понимаете!
 
Самим код написать, это конечно хорошо, благородная цель, но боюсь сложно будет. Хотя почему бы не попробовать. В файле примере все необходимое есть: в столбце А невыровненные последовательности, в столбце В результат, который должен получиться.
На всякий случай ссылка на алгоритм MAFF выравнивания, который используется в большинстве программ.
https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/windows_without_cygwin.html
Может можно как-нибудь подкрутить к экселю.
Изменено: dim284 - 12.10.2023 17:07:42
 
Цитата
dim284 написал:
Можно ли «достать» этот макрос
Ставите точки остановки на началах все макросов и нажимаете нужную кнопку
Согласие есть продукт при полном непротивлении сторон
 
Sanja, к сожалению без знания кода, это не к чему не приведет, так как там много макросов и функций друг на друга завязаны. Я понял, что кнопка Align proteins запускает макрос обратного вызова buttonProteinAlignment_onAction, который в свою очередь запускает макрос LoadProtein. Далее запрашивается функция SpecialFolder, а после выдается ошибка "user-defined type not defined", что с этим всем делать я не понимаю. Разбирался бы - на форум бы о помощи не писал.
 
Цитата
dim284 написал:
Далее запрашивается функция SpecialFolder, а после выдается ошибка "user-defined type not defined"
Поместите файл в корень диска C:
 
Сдаюсь.
Уважаемые модераторы, перенесите пожалуйста данную тему в платный раздел. Стартовая цена 2000 ₽.
 
Опишите, пожалуйста, подробнее - какая версия надстройки, что в ней требуется сделать, куда что вписать, что нажать, чтобы у всех был рабочий воспроизводимый пример её работы.

UPD. Судя по всему эта программа просто сохраняет ваши кислоты в FASTA-формате в файл "C:\ProgramData\SelectionAnalysis\protein" и затем вы можете воспроизвести всю операцию по сути с помощью
Код
LoadProteins "C:\ProgramData\SelectionAnalysis\protein"
. Наверное, самым простым способом для упрощения было бы не создавать функцию (тогда всю логику из ячеек нужно переписать в неё), а чтобы из выбранных вами ячеек данные сохранялись в файл, вызывался LoadProteins, а потом с листа Aligned последовательности бы копировались на место / рядом с изначальными последовательностями.
Изменено: Andrej730 - 13.10.2023 18:58:21
 
Написал в личку
 
Andrej730,  в этом разделе ТОЛЬКО поиск исполнителя. Никаких решений.
 
Выполнил, оплату получил.
 
doober спасибо Вам большое.! Все сделано в лучшем виде.
Страницы: 1
Наверх