сравнить можно и без Excel
и вообще, Excel - не очень подходящий инструмент для сравнения файлов XML (наверняка есть спец программы)

к тому же, действие СРАВНИТЬ не подразумевает какого-то изменения файлов, или вывода отчета,
потому, не понятно, что вы хотите получить в результате

Для начала стоит почитать и выяснить, что карта XML = XSD.
Как вы это получите и что это даст?
Пусть тэг node1 с атрибутом attr1 равным 5 в первом файле является дочерним к тэгу parent1, а во втором parent2. Далее, пусть тэг node2 с атрибутом attr2 равным 5 в первом файле является дочерним к тэгу parent2, а во втором parent1. Как вы собираетесь это учитывать в этих как-бы столбиках? Или в этом случае файлы равны?
Может стоит почитать для начала литературу по XML, XSD, а потом когда придёт понимание - что это такое задавать вопросы?
Прямого инструмента сравнения в Excel нет. Косвенно её можно решить в рамках чёткого описания - что означает равенство двух XML файлов.