Добрый день. Загрузить данные из кучи папок можно, конечно, если все они лежат в рамках одного пути (например, они все - подпапки в другой папке). При подключении к папке, вы получите список всех файлов во всех подпапках, и в отдельном столбце Folder Path - как раз ссылку на путь к файлу. Можете ссылаться на такой запрос из других и фильтровать по нужному пути, сэкономите на одном, но потеряете в другом.
Но создавать 50 запросов придется руками, это не автоматизируется.
Но что-то я сомневаюсь, что вам на самом деле нужны 50 запросов. Задача ваша не понятна, но ощущение что явно не туда  копаете.