Привет!
Есть универсальный 100% бронебойный способ решать такие закавырки, но он довольно громоздкий и не очень красивый.
Можно использовать любой автоматизатор рутинных процессов, например xstarter.
Устанавливаешь его. В нем есть функция фото части экрана. Фоткаешь это окно (часть экрана автоматизатором), что тебе не нравится, сохраняешь.
Это будет "шаблон" по которому сравнивать будешь.
Потом пишешь скрипт, который делает:
1. Фото той же самой части экрана и сохраняет файл как "текущий".
2. Сравнивает два файла "шаблон" и "текущий", если равны то скрипт запускает действие 3.
3. Нажать мышкой на область экрана с кнопкой "да" или генерирует нажатие Enter.
Затем компилируешь с помощью этого же xstartera файл exe со своим скриптом.
Добавляешь запуск этого exeшника в своем vba скрипте.

Exeшник можно сделать какой угодно, пусть работает пару минут. Покараулит это окно пока у тебя скрипт не отработает потом выключается. Варианты увидишь, когда посмотришь функционал xstartera.
Так себе способ, конечно, но зато универсальный и решает многие такие закавырки.

Просто отключите вывод этих уведомлений в настройках Internet Explorer
(как именно - загуглите по тексту уведомления)

Например, так можно решить проблему:


Вообще, проблема весьма редкая (если бы такое случалось чаще, чем на 1 из 100 компов, я бы об этом знал)
Видимо, у вас нестандартные настройки Internet Explorer (например, отключен приём этих Cookies)