На форуме обсуждалось несколько раз, но решения не нашел. В коде прописать защиту листа, на котором разрешить работу автофильтра. Это и макрорекодер умеет:
Проблема в том, что нужна защита с паролем. .Protect ("пароль") не устанавливает параметры защиты.
Обходной путь1. До обработки установить защиту листа с разрешением работы автофильтра, снять защиту. Лист запоминает предыдущие установки и при защите .Protect ("пароль") автофильтр на защищенном листе работать будет. Обходной путь2. Лузер советовал устанавливать параметры при открытии книги.