Добавлять в модель данных нужно тогда, когда вы планируете использовать несколько таблиц в качестве исходника сводной или планируете использовать формулы DAX
И то, и другое относится к Power Pivot. Если никогда не пользовались этим инструментом и не знаете, что это такое, то нет смысла добавлять таблицы в модель данных, это вам не нужно (к тому же на таком мизерном объеме)

тогда добавление в модель данных может существенно сократить объем файла, так как там используется хитрая компрессия.
Только не надо параллельно загружать таблицу на лист.
Жмёте "Обновить всё"? Попробуйте обновлять только сводную.
Отключить выгруженные данные можно, если они выгружены на лист. Правой мышью по таблице, в выпадающем меню "Таблица" - "Разорвать связь с источником данных"

Думаю что оптимальнее будет загружать запросы Plan и Fact в модель данных и не городить Total, а уже в Power Pivot наладить связь между этими таблицами, создать необходимые меры/столбцы и из этого лепить сводную. Есть подозрение, что работать будет быстрее. По крайней мере все примеры на сайте MS, да и на всех тренингах говорят, что так правильнее.
Из своего трехмесячного опыта общения с этой кухней могу сказать, что все очень сильно зависит от конкретной задачи, но для типовых, так действительно правильнее.

Я так понимаю, это потому что фактически в модели данных в таком случае хранится только подключение и схема таблицы. Сами данные - в источнике, вот он и дергается

Наверное я все же не очень правильно выразился. Данные в модель, конечно, подгружаются в обоих случаях. Просто в одном случае источником является умная таблица, в другом - запрос (подключение) к данным. обновление и есть получение свежих данных, то есть дергаем источник и получаем свежие данные из него:
- перечитываем умную таблицу
или
- обновляем запрос к источнику
Если опустить очевидные преимущества PQ:
- данных, возвращаемых запросом, может быть столько, сколько влезет в Data Model
- данные могут быть не из Excel, а отовсюду, откуда сможет забрать PQ
- сам PQ как инструмент - консолидация и пр.

и говорить о том, что данных немного, они помещаются в умную таблицу, и нам не надо с ними ничего больше делать с точки зрения трансформаций, то связанная таблица может (не проверял) работать быстрее, чем та же таблица, загруженная в модель посредством PQ. Хотя на небольших объемах я бы с PQ не заморачивался, но со связанными таблицами есть свои проблемы, очень уж они нежные

Через Power Query делаете запрос к этому файлу с регистром и в диалоге "Загрузить в..." выбираете пункт "создать только подключение", а в самом низу отмечаете галочкой чек-бокс "Добавить данные в модель данных"