Как написано в документации, настройки метода Replace неразрывно связаны с настройками объекта Find dialog box из коллекции Dialogs, получить который можно так: Aplication.Dialogs(xlDialogFormulaReplace).
Или для поиска xlDialogFormulaFind. Полный список элементов коллекции тут: https://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb240973(v=office.12).aspx
Соответственно, Вам нужно свойства желаемого диалога сохранить в переменные типа Variant, выполнить метод с нужными настройками и восстановить значения изменившихся при выполнении метода параметров диалога. Я слабо понимаю, зачем так сделано, чтобы настройки объекта меняли параметры метода, а параметры метода меняли настройки объекта, но - факт.

del