Ranker Dark, идея с тэгами правильная, но на винде это тот ещё геморрой.
Можно просто сделать таблицу в Excel (список из одного столбца). В нём будут полные пути к каждому файлу. Отдельный парсер путей будет создавать "плоскую" таблицу с иерархией. На основании этой плоской таблицы можно построить обычную сводную. Будет очень быстро и удобно.
Можно прикрутить всякие улучшения на VBA типа удобного поиска, фильтра и так далее.
Чтобы список мог самообновляться, нужно придумать систему нейминга папок/файлов и зашить этот принцип в код. Тогда, при открытии книги, будет обновляться список путей и далее по цепочке.
У меня реализовано что-то похожее, но без автообновления, а все файлы (с уникальными ключами в качестве имён) хранятся в одной папке-проекте. Деление на "подпапки" осуществляется в таблице и может меняться как угодно (файлы-то в одном известном месте всегда лежат).
При необходимости, я могу воссоздать структуру таблицы на диске, "слепив" новые пути из данных в таблице.