Все гениальное просто! В атрибутах файла нужно поставить "Скрытый". И все прекрасно работает и ни каких два окна не открывется.
На всякий случай на Компе Windows 7 Professional x64 и MS Office 2007 SP3 x86 + MS Office 2016 x86

Блин. Теперь Excel 2016 прячет все открытые книги.  

Давно ничего не делал в макросах.
Так вот:
1) При открытии Excel идем в меню "Вид" выбираем "отобразить" выбираем Personal.xlsb
2) На ленте на вкладке "Разработчик" жмем кнопочку "VisualBasic"
3) В открывшемся окне слева два раза щелкаем мышкой по ЭтаКнига (если левая часть окошка не видна идем View/ProjectExplorer)
4) В справа выбираем Workbook и автоматом должно появиться Open (или выбираем Open)
5) После этого появится код:

6) Вставляем в средину:  
7) Жмем сохранить
8) Закрываем окно с VisualBasic
9) Сохраняем книгу
10) Идем в меню Вид выбираем "скрыть" выбираем Personal.xlsb
Все. Мне помогло.
Спасибо Krechet