Добрый день! Ответ запоздалый, но может кому то поможет. Сам недавно столкнулся с этой проблемой при импорте больших данных. Способа решения не нашел.
Совершенно случайно заметил, что команда ThisWorkBook.Save занимаемую память в памяти уменьшила. Если раньше за 40-50 циклов (а необходимо 2000) память доходила до 1.2ГБ и Excel зависал, то после помещения команды в тело цикла память растет крайне медленно, что собственно полностью решило мою проблему.