Krechet, появилась аналогичная проблема после перехода с Excel 2013 на Excel 2016.
"Добрый день. После того как поставил Excel 2013 64 разрядный мучает меня вопрос:".
Думаю проблема именно в переходе с одной версии на другую.

Что мне помогло:
1) Вырезал старую книгу персонал из папки XLSTART.
2) Записал макрос в пустой книге и сохранил его в личной книге макросов, после чего в папке появился новый файл PERSONAL
3) Переименовал старую книгу (так как 2 книги с одинаковым названием открыть нельзя).
4) Открыл 2 книги PERSONAL новую и переименованную старую одновременно.
5) В редакторе VBA перенес все макросы из старой книги в новую.

После проделанных действий личная книга макросов стала открываться корректно (отображается в "Макросы"->"Все открытые книги") без создания дополнительного окна.