Добрый день!

Присутствие надстройки не влияет на буфер обмена до тех пор, пока не запускаются макросы надстройки, что-либо меняющие на листах.
Тогда история буфера обмена исчезает и это обычное поведение для большинства макросов Excel.
К примеру, координатное выделение (Прицел) отменяет буфер обмена, так как при смене выделения ячеек VBA код надстройки автоматически корректирует формулы условного форматирования активного листа.
Программно имитировать работу буфера обмена и в таких условиях возможно, но это достаточно хлопотно реализовать.
Стоит отметить, что пользовательские функции (UDF) надстройки не мешают работе буфера обмена.

Автор надстройки Николай Павлов, возможно, прояснит больше.
Но желательно, чтобы Вы описали последовательность своих действий, приводящих к проблеме.