Эти "два и более файла" - они будут одновременно открыты, или находятся в одной папке, или как их находить?  
Речи идет только о первом столбце на первом листе?

Я сделал - поставил пометки в С сперва в одном файле, сохранил, потом в другом.  
Если надо именно закрасить - можно отсортировать и залить цветом область.  
Файл -    
http://excel.ucoz.ru/index/comparefiles_find/0-25  
http://hugo.nxt.ru/CompareFiles.Find.rar  
 
Файл - приёмник: C:\temp\Aphrodite\post_160987.xls  
Файл - источник: C:\temp\Aphrodite\post_160986.xls  
Столбцы сравнения в приёмнике: a  
Столбцы сравнения в источнике: a  
Лист - приёмник (№): 1  
Лист - источник (№): 1  
Столбцы - приёмники данных копирования:  
Столбцы - источники данных копирования:  
Столбец для пометок в приёмнике: c  
 
Отметить "Инверсия" и "Приёмник разрешено сохранять", сохранить файл.  
Затем запустить, поменяв местами файлы.  
Результат в C:\temp\Aphrodite\post_160986.xls:  
50748391 NotFind  
 
 
50942762 NotFind  
51069136 NotFind  
50905363 NotFind  
51226793 NotFind

{quote}{login=Aphrodite}{date=05.10.2010 05:04}{thema=}{post}а как-то через функции и условное форматирование что-нить можно придумать?{/post}{/quote}  
 
"так как таблицы могут быть бесконечными" - это Вы сказали.  
Формулы будут тормозить, файл пухнуть. Но если надо динамически подсвечивать, и значений на самом деле пару тысяч - можно и формулами. Но я не спец по формулам...

Если моим кодом ставить пометки наоборот, у найденных, то хватит одного запуска.  
Строки без пометок - уникальные среди этих двух файлов.  
И если сравнивать более чем 2 файла - тогда инверсные пометки в тот же столбец не годятся, они каждый раз затирают существующие, тогда их надо ставить рядом, в другой столбец.  
А как сделать формулами по более чем одному стороннему файлу - я не знаю... да и по одному не рискну, на фоне знатоков :)

Классно! Только мне пришлось ещё две книги из открытых отобразить и закрыть, иначе застревало.

Тогда код Казанского не годится. Вообще, если Вы будете сравнивать сперва с одним файлом, потом со вторым, затем с третьим и т.д., то закрашивать можно только в самом конце, когда ясно, что ни в одном файле совпадений нет. Ведь если не совпало в первом, это не значит, что не совпадёт во втором.  
Т.е. надо ставить при каждом сравнении пометки о совпадении, а в финале закрашивать те, у кого нет пометок.  
Как пометки ставить - другой вопрос. Я предложил вариант. Можно код Казанского переделать на пометки - ввести задание диапазонов сравения и диапазона для пометок. Получится подобие моего кода :)  
Или пометки держать в массиве в памяти...

Казанский, это было бы вообще идеально. То есть я задаю диапозон, а макрос ищет независимо от того задала я диапозоны в двух файлах или в трех (то есть число файлов может варьироваться)и нахождение диапозоны может в первом файле допустим попадать на столбец А, а во втором файле на столбец С например, поэтому мне и надо выделять диапозоны для сравнения.  
 
P.s. спасибо Вам большое за помощь :)

Прошу прощения за долгое молчание.  
Прикладываю архив, где книга с макросом и еще три, для теста, диапазоны в них уже выделены. Откройте все и запускайте макрос.  
 
Теперь пустые ячейки игнорируются, также корректно работает с целыми строками и столбцами.

Казанский, Вы писали, что Можно несколько листов в каждой книге задействовать - напишите, если нужно. Мне это очень нужно, помогите пожалуйста.  
<EM><STRONG>Файл удален</STRONG> - велик размер - [<STRONG>МОДЕРАТОРЫ</STRONG>]</EM>

А с этим файлом надо сравнить номера счётчиков.

{quote}{login=Юрий М}{date=07.12.2010 01:38}{thema=Re: }{post}{quote}{login=Angelina}{date=07.12.2010 01:30}{thema=}{post}Уменьшила по размерам файл.{/post}{/quote}  
Это называется уменьшить - 1,7М?! Angelina, Вы хоть с Правилами ознакомились?{/post}{/quote}  
Юрий, извините, буду исправляться. Вот это файл надо сравнить по номерам счётчиков.

Надо сравнить № счётчиков на двух листах одновременно в столбце J в файле Электро  к прилож. 1,3,4 по участкам 2009 год, там на двух листах 2 разных участка Абатск и Аромашево и в столбце Е в файле Приложение 3.6. ТЭ 2011 в ИД.

{quote}{login=Казанский}{date=08.12.2010 02:09}{thema=}{post}Ангелина,  
что с чем сравнивать? В архиве post_181606.rar тот же файл post_181597.xls.  
В нем один лист.{/post}{/quote}  
Я ещё эти файлы выслала Вам на емайл.

Надо сравнить № счётчиков на двух листах одновременно в столбце J в файле Электро к прилож. 1,3,4 по участкам 2009 год, там на двух листах 2 разных участка Абатск и Аромашево и в столбце Е в файле Приложение 3.6. ТЭ 2011 в ИД.