Подключаем Microsoft Visual Basic for Application Extensibility 5.3  
Вклчаем Доверять доступ к объектной модели проектов VBA  
Public Sub test()  
   Dim pProject As VBIDE.VBProject  
   Dim pComponent As VBIDE.VBComponent  
   Set pProject = ThisWorkbook.VBProject  
   For Each pComponent In pProject.VBComponents  
       If pComponent.Name = "Class1" Then  
           pProject.VBComponents.Remove pComponent  
       End If  
   Next pComponent  
End Sub  
Главное модули книги и листов удалить нельзя, но код почистить можно.

To anvg:  
Я так понял это очистит только классы, коих у меня там и так нету..

А может кто подскажет, как открыть книгу с отключенными макросами?  
И удалять без нать.

Application.EnableEvents = False  
ВСЕ события отключит, в т.ч. и в рабочей книге. Нет?

Можно.  
 http://msoffice.nm.ru/faq/macros/module.htm#faq50

Андрей - отключит конечно ВСЕ. Но ведь на время открытия стронних книг обработка событий в нашей книге нам не нужна. А если вдруг нужна (заносим данные из внешней книги и это нужно обработать) - так можно и включить на это время, а перед открытием очередной книги снова выключить.

Так вероятно не получится - да и не нужно это никому :)  
А вот наоборот как раз нужно бывает - и кстати оно только так и работает, макросы включаются всегда и без вопросов :)

Для EXCEL >=2007  
Хоть два пароля  
Sub Del_All_Macro()  
   Application.DisplayAlerts = False  
   Application.ScreenUpdating = False  
   startName = "test.xls"  
   pth = ThisWorkbook.Path & "\"  
   Set wb = Workbooks.Open(pth & startName)  
   wb.SaveAs pth & startName & "x", 51  
   wb.Close  
   Kill pth & startName  
   startName = startName & "x"  
   Set wb = Workbooks.Open(pth & startName)  
   wb.SaveAs Left$(pth & startName, Len(pth & startName) - 1), -4143  
   wb.Close  
   Kill pth & startName  
   Application.DisplayAlerts = True  
   Application.ScreenUpdating = True  
End Sub