Можете оставлять значения и в разных файлах, но код проще написать, когда значения рядом на разных листах (или в одном, без разницы) - так писанины меньше.  
 
Тут на форуме таких кодов полно - искать нужно по scripting.dictionary  
Можно и написать - только вот что делать с обнаруженными?  
Только не говорите, что нужно их красить :)

Объясните пожалуйста логику процесса, для чего выделять по две ячейки? Мне нужно сравнить в двух файлах (ну или на двух листах книги) одну колонку и скопировать уникальные значения в другой файл (либо на другой лист).  
По запросу Вашей обработки я выделил 1 ячейку нужного мне столбца в первом файле, и 1 ячейку во втором. По второму запросу 2-ую ячейку в том же столбце в первом файле и 2-ую во втором. Получил результат: Данные stf_ctf2_01082012-31082012.xlsx Суммы stf_ctf2_01082012-31082012.xlsx Данные stf_ctf2_01082012-31082012.xlsx Суммы stf_ctf2_01082012-31082012.xlsx  
ЧЯДНТ?

Тот файл разарабатывался для сверки платёжек, поэтому там нужно выделять по две ячейки в каждом файле.  
Т.е. в одном цену и дату платежа(или ID платежа), и во втором аналогично.  
В Вашем случае - оба раза кликайте по одному столбцу. Т.е. два раза укажите на данные в одном листе, затем два раза на данные во втором.

Привел файлы к одному виду, т.е. колонка с требуемыми данными для отбора - столбец А, затем столбец Б пустой. Выделяю в первом файле первую ячейку из стобца А и первую из столбца Б. Во втором файле так же. Результат обработки - пустая таблица. Хотя визуально видно, что расхождения в файлах есть.

а, ещё, пардонте, забыл уточнить, значения в ячейках по которым нужен отбор строковые

То, что там строки - роли не играет.  
Ну а пустой столбец лучше не выбирать - выбирайте оба раза столбец с данными, так надёжнее :)

Для строк полностью нужно писать другой код - этот такой какой есть.  
Но в Вашем примере ведь нет строк полностью :)  
А без реального примера (на 10 строк например) полностью рабочий код вряд ли получите.  
Ну и если вытянутых данных немного - то ведь по ним можно формулами подтянуть остальное из тех строк.  
С помощью ВПР() или индекса с поискпозицией :)  
 
То, что там строки - роли не играет. Должно всё равно находить отличия - может быть их нет (позиция роли не играет)?  
А в коде не разберётесь - он закрыт :(

Steel Rain!  
Если вопрос актуален, укажите E-mail для отправки файла.

Игорь, судя по количеству однотипных тем, пора завести "Уголок Hugo - сравнение двух столбцов/файлов". :-)

Потренировался, попробуйте, может быть подойдет.  
ПыСы первый раз объявил словарь, тяжело. Hugo, не посмотришь файл, что то много у меня переходных массивов получилось. Не понял как по заданному значению Item вытащить Key.

Вот тут не понял:  
 
For i = 1 To UBound(arrB)  
           If .exists(arrA(i, 1)) Then  
 
Что-то не то :(  
Вообще я сейчас в деталях не помню тот код, но там я как-то делал за много проходов по словарям, чтоб из кучи совпадений осталось одно без пары.  
Например, если в одном списке две единицы, а во втором одна, то код покажет, что не совпадает одна единица первого списка.    
 
Ну а по итему думаю кей не получить без перебора. Мне никогда такое и не надо было :)

Спасибо за отклики. Игорь, там где не понял это просто косяк:) Вчера не смог перебрать пары ключ-значение в словаре. Сегодня получилось. Кажется делал то же что и вчера, но... Код должен быть рабочим, без проверок на ошибочные данные или их отсутствие.  
Sub getUniq() 'извлечение только уникальных записей (повторяются по 1 разу)  
   Dim arrA(), arrB(), arrRezalt(), p&, i&, x  
   'забираем данные в массив для обработки  
   arrA = Worksheets("file1").Range("b2:b" & Worksheets("file1").Cells(Rows.Count, 2).End(xlUp).Row).Value  
   arrB = Worksheets("file2").Range("b2:b" & Worksheets("file2").Cells(Rows.Count, 2).End(xlUp).Row).Value  
   'создаем словарь для извлечения уникальных  
   With CreateObject("scripting.dictionary")  
       For i = 1 To UBound(arrA)  
           If .exists(arrA(i, 1)) Then 'если значение ключ есть в словаре  
               'считаем количество повторных значений  
               .Item(arrA(i, 1)) = .Item(arrA(i, 1)) + 1  
               p = p + 1 'если значение повторилось, то можно будет уменьшить конечный массив уникальных  
           Else: .Add key:=arrA(i, 1), Item:=1 'заносим значение в словарь и указываем на первое повторение  
           End If  
       Next i  
 
       For i = 1 To UBound(arrB) 'данные другого столбца  
           If .exists(arrB(i, 1)) Then  
               .Item(arrB(i, 1)) = .Item(arrB(i, 1)) + 1  
               p = p + 1  
           Else: .Add key:=arrB(i, 1), Item:=1  
           End If  
       Next i  
       'вычисляем размер итогового массива  
       p = .Count - p '+ 1  
       'определяем его  
       ReDim arrRezalt(1 To p, 1 To 1)  
       i = 0  
       For Each x In .keys 'начинаем перебор данных в словаре по ключам  
           If .Item(x) = 1 Then 'если данный ключ повторился 1 раз, заносим номер в итоговый массив  
               i = i + 1  
               arrRezalt(i, 1) = x  
           End If  
       Next x  
   End With  
   'выгружаем данные на лист  
   Лист3.[d1].Resize(p).Value = arrRezalt()
End Sub