Снимите галочку "Автоформат" в параметрах сводной таблицы.

Возможно Вы установили формат просто выделив конкретную ячейку или их диапазон. Не исключено, что при этом таблица была отфильтрована по какому-то критерию  
В сводных таблицах лучше устанавливать формат, когда никакой критерий фильтра не активирован (каждое поле имеет галочку Show All). Также выбирать ячейки дли форматирования нужно через меню сводной таблицы (найдёте его, открыв панель Pivot Table), активизировать пункт Выбрать (Enable Selection), затем что именно выбрать (Label or Data or Label and Data), и только после этого мышкой выбирайте поля (заголовки или данные) на таблице. К выбранному таким образом диапазону применяйте нужный формат - обычно он сохраняется и после обновления таблицы