Ситуация аналогичная происхождение ошибки не отслеживается. Ошибка формата FormatData Error 1.1
Как решил похожую проблему. Костыль конечно но все таки.
1. Создаем файл из программы Excel чистый.
2. Копируем содержимое из нужного нам файла №1 в него.
3.Аналогично поступаем с нужным нам файлом №2.
4. Далее сравниваем новые файлы №1 и №2 . И больше ошибок не было. Сравнение, слияние в моем случае прошло успешно.