Почитал про неразрывный пробел и понял, что это хорошая штука и в некоторых случаях просто необходимая.
Поэтому сделал вывод что, наверное, не очень правильно заменять его в региональных настройках на обычный пробел.
Попробовал в своём пользовательском формате числа заменить обычный пробел на неразрывный и это помогло!
Т.е. у меня получился такой формат: #(неразрывный пробел)###(неразрывный пробел)
Правда при написании формата у меня не сработала комбинация Ctrl+Shift+Space, поэтому пришлось сначала вставить неразрывный пробел в пустую ячейку с помощью Вставка->Символ->Специальные знаки->Неразрывный пробел, потом скопировать его из ячейки и подставить в формат числа.
Правильность формата проверял на следующих конфигурациях:
Windows 7 + Excel 2010
Windows 8 + Excel 2013