Если есть какие-то проблемы с драйверами или стоит универсальный драйвер от Microsoft (такой драйвер будет поддерживать не все функции видеокарты) , то эту настройку просто нельзя установить. Но это предположение, в сети находятся сообщения, что так решали схожие проблемы.

Предполагаю такое поведение связано с драйверами видеокарты, может помочь их переустановка или установка "родных" драйверов от производителя, если установлен драйвер по умолчанию от Microsoft.

У нас такая проблема тоже появилась, но решение с галочкой  "Smooth Scroll list boxes" (Гладкое прокручивание списков), как в сообщении #26 этой темы,  помогло.
Проблема воспроизводится, убрали галочку проблема есть, поставили - исчезла, то есть проблема не в Excel, а в настройках Windows.

Сейчас дополнительно выяснилось, что в некоторых случаях Windows может перекрывать этот параметр. Например, при запуске Excel на удаленном компьютере можно указать дополнительные параметры подключения, в частности если на вкладке Дополнительно (Подключения к удаленному рабочему столу) убрать галочки со всех пунктов группы Использовать следующие возможности, то галочка Гладкого прокручивания списков будет сниматься при каждом подключении, а значит будут появляться проблемы с прокруткой. Может быть что-то еще приводит к такой ситуации.

Поэтому желательно дополнительно проверить состояние этого параметра  (Гладкое прокручивание списков) после того, как "сломается" прокручивание.

Я победил. Свойства системы (System properties) - Вкладка Дополнительно (Advanced) - в разделе Быстродействие (Performance) выбрал Параметры - флаг "Отображать содержимое окна при перетаскивании (Show window contents while dragging" выключил/включил. Похоже при обновлении свойство где-то не установилось, хотя галочка и осталась установленной.
UPD. Обманул со свойством, не "Отображать содержимое окна при перетаскивании", а "Smooth Scroll list boxes" (Гладкое прокручивание списков).

Ни один из вариантов не прошел (ветки Common, User Setting, вся ветка Office). Ищу дальше, может быть что-то накопаю.

Проверил, у существующего пользователя Sokol92 проблема воспроизводится. На той же машине завел новый аккаунт, в новом аккаунте проблемы нет.

Временная сложность алгоритма объединения двух неотсортированных массивов, как в вашем примере O(n^2), для отсортированных O(n), сложность быстрой сортировки O(n * log(n)).
Допустим количество элементов в первом массиве m = 100 000, во втором n = 50 000.
Для наглядности, чуть-чуть отойду от традиционной О нотации и учту влияние аргументов меньших порядков (т.е. буду считать не O(n^2), а O(n * m)).
Получается:
1. Сложность алгоритма в вашем файле O(n * m) = 100 000 * 50 000 = 5 000 000 000, пусть за секунду обрабатывается 1 000 000 операций, тогда алгоритм отработает за 5 000 сек или 83 мин.
2. Сложность сортировки для двух массивов 100 000 * log(100 000) + 50 000 * log(50 000) = 2 441 446, сложность объединения массивов 100 000 + 50 000, итого общая сложность 2 591 446. Алгоритм отработает за 2,5 сек.
Если требуется оставить первоначальный порядок в массиве, то можно сформировать дополнительные массивы в виде Ключ, Индекс массива, отсортировать их и использовать индекс массива при формировании результата.

Вот еще вариант решения без использования дополнительных средств и надстроек.
При количестве записей "Лист №1" ~100000, "Лист №2" ~ 50000  - на доступных машинах результат был от 1 до 2 секунд.