Как раз сегодня нужно было найти повторы в более 3000 строках. Единственное ограничение макроса: не более 54 повторов (56 основных цветов минус черный (1) и белый (2), которые не используются). Ну или дорабатывать макрос самому.
Да, в базовой палитре для свойства ColorIndex только 56 основных цветов (из версии Excel 2003). Вместо свойства .ColorIndex = ... можно использовать конструкцию .Color = RGB(a, b, c) - тогда можно задать любой цвет вообще. Но значения a,b,c придется вычислять и хранить в дополнительных столбцах массива Dupes.
Ну или дорабатывать макрос самому.